Nejvýznamnější a zároveň nejobávanější instituce nacistického bezpečnostního aparátu v protektorátu představovaly řídící úřadovny gestapa v Praze a Brně. Jejich sídla se stala symboly nenáviděného okupačního režimu.

Příslušníci německé tajné státní policie dorazili do českých zemí 15. března 1939 hned za jednotkami Wehrmachtu a SS. V hlavním městě se vůbec jako první objevili členové tzv. Operační skupiny Drážďany v čele se SS – Standartenführerem Ottou Emilem Raschem. Skupina se nejprve usadila v Panské ulici v hotelu Palace. Ten se stal provizorním sídlem pražského gestapa. Část operační skupiny také obsadila budovu policejního ředitelství. Němci však hledali vhodnější prostory, které by sloužily jako bezpečnostní centrála. Volba nakonec v květnu 1939 padla na Petschkův palác stojící v Bredovské ulici.

( Budova Petschkova paláce, od května 1939 sídlo pražské řídící úřadovny gestapa )

Čtyřpatrovou budovu nechal v letech 1923 – 1929 postavit známý pražský bankéř Julius Petschek. Měla sloužit pro potřeby jeho banky. O pár let později k ní byl připojen nárožní dům ve Washingtonově ulici. Židovská rodina Petschků se rozhodla ještě před příchodem nacistů emigrovat, prodala proto svůj majetek a zamířila do Velké Británie. Palác zaujal gestapo jednak vzhledem ke své velikosti, ale také díky své výhodné poloze v centru Prahy. Němcům přišlo vhod i moderní vybavení v podobě tiskárny, laboratoře, dílen, telefonní ústředny a garáží. Budova prošla po zabrání rekonstrukcí a poté se stala sídlem pražské řídící úřadovny gestapa, instituce nadřazené všem gestapáckým služebnám na území protektorátních Čech.

V suterénu budovy nechali Němci vybudovat 11 malých cel, každou pouze pro jednu osobu, kde mohli izolovat vězně od okolního světa a také krýt případné konfidenty. Po svém zatčení 27. září 1941 zde skončil např. i ministerský předseda generál Alois Eliáš. Vedle cel se nacházely prostory tzv. domácího vězení, které jsou dnes známy jako Biograf. Zatčení zde museli někdy i dlouhé hodiny čekat na předvolání k výslechu, přičemž každý zadržený musel během tohoto čekání sedět vzpřímeně s dlaněmi položenými na kolenou a hledět na bílou zeď před sebou. Když se někdo pokusil jen promluvit, byl dozorci brutálně zbit a za trest zde musel stát bez jídla i tři dny.

( Tzv. Biograf, místo kde i celé hodiny museli nehnutě a tiše sedět lidé předvolaní k výslechu )

Během okupace pracovalo v Pečkárně přes 1 000 úředníků a zaměstnanců gestapa. V tomto období prošlo jejími chodbami na 30 000 zatčených Čechů. V jednotlivých patrech se nacházely kanceláře vyšetřovatelů, do kterých dozorci z řad příslušníků SS přiváděli zatčené k výslechům. Ty doprovázelo fyzické násilí v nejrůznějších podobách. Ze vzpomínek pamětníků patřil k nejbrutálnějším dozorcům Oskar Fleischer, který vězně byl pěstmi, obuškem či důtkami, vytrhával jim vlasy, vrážel jehly pod nehty, drtil prsty atd. Vyslýchané se také snažil zlomit tím, že před jejich očima mučil rodinné příslušníky.

Pražské gestapo vyšetřovalo během let 1939 – 1945 obrovské množství lidí, pro které muselo najít odpovídající prostory. Po určitou dobu využívalo věznici v budově okresního soudu na Karlově náměstí a od června 1940 si zřídilo policejní věznici v areálu terezínské Malé pevnosti. Přímo v Praze však využívali věznici na Pankráci, kde se od dubna 1943 do dubna 1945 popravovalo stětím hlavy gilotinou. Za tu dobu zde nacisté podle dochovaných záznamů popravili 1 079 osob, z toho 155 žen. Exekuce prováděl kat Alois Weiss.

( Pankrácká sekyrárna - během dvou let tu bylo popraveno 1 079 českých vlastenců )

Také v Brně se první příslušníci gestapa objevili už 15. března 1939. Šlo o 70 – 80 členů vídeňské řídící úřadovny pod velením kriminálního komisaře Ewalda Taudta společně se 30 příslušníky gestapa ze Stuttgartu. Jejich prvním provizorním sídlem se stala budova policejního ředitelství, kterou ale brzy označili za nevyhovující. V dubnu 1939 se brněnské gestapo usídlilo v budově zemské školní rady na Mozartově ulici 3. Tady působilo až do prosince následujícího roku, kdy se trvalým sídlem brněnské řídící úřadovny gestapa stala Právnická fakulta Masarykovy univerzity.

Budova vznikla v letech 1928 – 1932. Němci ji zabrali během svého zásahu proti českým vysokým školám. Vzhledem ke značné prostorové kapacitě a výhodné poloze nedaleko centra města zde gestapo sídlilo až do dubna 1945. Někdejší posluchárny pro studenty a pracovny profesorů se proměnily v kanceláře a vyšetřovny, kde probíhaly výslechy. Jména obávaných vyšetřovatelů, jako např. Emil Seitz, Anton Rotter nebo Willi Braun, se natrvalo zapsala do paměti těch, kteří museli projít martyriem výslechů.

( Popraviště v brněnských Kounicových kolejích, o život tu přišlo téměř 700 lidí  )

Také v Brně nacisté využívali pro vězeňské účely několik objektů. Nejhorší pověst si však právem získala policejní věznice otevřená v lednu 1940 v objektu Kounicových studentských kolejí. Postaveny byly ve 20. letech a sloužily k ubytování studentů až do 17. listopadu 1939, kdy je gestapo během velké razie obsadilo. Jelikož se nacházely v místě vzdáleném jenom několik set metrů od právnické fakulty, rozhodli se Němci vybudovat zde velkou věznici, kterou do dubna 1945 prošlo na 35 000 osob z celé Moravy, ale i dalších zemí. Tak jako v pražské Pečkárně, i v právnické fakultě zasedaly během obou výjimečných stavů v letech 1941 a 1942 stanné soudy.

Brněnské rozsudky se vykonávaly přímo na dvoře Kounicových kolejí, kde se popravovalo zastřelením a v menším měřítku i oběšením. Další vlna exekucí zde pak probíhala od ledna do dubna 1945. Tehdy docházelo k popravám zejména zajatých partyzánů a jejich spolupracovníků z řad domácího obyvatelstva. Celkově na místním popravišti skončilo téměř 700 lidí. Šlo o muže i ženy, lidi všech možných profesí. Nejmladší obětí byl ani ne jedenáctiletý Miloš Prudil, jehož rodiče podporovali partyzány. Nelidské podmínky věznění v Praze i Brně pak mnoho dalších lidí vedly k sebevraždám, někteří zemřeli během výslechů, jiní zahynuli pod výstřely strážných, když se nedovoleně přiblížili k oknům ve svých celách. Obě protektorátní řídící úřadovny gestapa a jejich vězeňská zařízení přinesly utrpení desítkám tisíc lidí, a mnozí v nich přišli o svůj život.