Od roku 1943 se stala střelnice v Malé pevnosti místem provádění poprav vězňů. Na rozdíl od běžné soudní procedury nedostali zatčení ani formální právo na řádný proces a k exekucím docházelo pouze z rozhodnutí gestapa, podle tzv. Sonderbehandlungu, tedy podle zvláštního zacházení. Popravčí čety tvořili příslušníci strážní roty SS, ale dobrovolně se do nich hlásili i někteří dozorci. Popravovalo se zastřelením, pouze v jediném doloženém případu byli vězni oběšeni. Prvním popraveným v Malé pevnosti se zřejmě stal příslušník komunistického odboje František Prokop, který byl zastřelen 11. května 1943. K dalším popravám došlo ještě do konce roku 1943 a v následujících letech se jejich počet dále zvyšoval.

( Popraviště v Malé pevnosti, poslední poprava se zde odehrála 2. května 1945 )

Odporným zločinem se staly také např. vraždy nevyléčitelně nemocných na základě výnosu 14f13 Reichsführera – SS Heinricha Himmlera. Především ale byli popravováni příslušníci domácího odbojového hnutí, členové partyzánských oddílů a parašutistických výsadků. Hromadnou popravou 9 osob skončil také pokus dvou českých vlastenců o únos letadla, kterým v roce 1944 chtěli přeletět na Slovensko na pomoc Slovenskému národnímu povstání. Výjimečnou událostí se stala veřejná poprava 3 mužů a 1 ženy 3. března 1945 ve IV. dvoře, která byla odvetou za pokus o útěk několika vězňů. Pro výstrahu jí museli přihlížet i kápové jednotlivých cel. Poslední a zároveň největší exekuce proběhla v den pádu Berlína – 2. května 1945. Jejími oběťmi se stalo 49 mužů a 3 ženy. Většinou se jednalo o členy levicových ilegálních organizací, jako byly KSČ a Předvoj. Celkový počet popravených v Malé pevnosti Terezín se odhaduje na 250 až 300 osob.