Policejní věznice gestapa v terezínské Malé pevnosti byla zařízením průchozím, v němž vězni zpravidla nezůstávali dlouho. Byli odtud posíláni k soudům, do jiných věznic a káznic nebo předáváni do koncentračních táborů.

Káznice byly určeny k odpykávání trestu po vynesení rozsudku a věznice sloužily pro výkon vazby. Z Terezína odjížděly transporty s vězni nejčastěji do Drážďan, Berlína, Bautzenu, Zwickau, Bayreuthu, Waldheimu, Ebrachu a Vratislavi. Podle neúplných údajů bylo z Malé pevnosti před německé soudy posláno přes 4 200 mužů a žen. Stovky těchto vězňů byly odsouzeny k trestu smrti a popraveny. Nejvíce poprav proběhlo v roce 1944 a 1945. Jejich vzrůstající počet ukazuje, jak stoupala tvrdost rozsudků nacistických soudů. Zatímco v prvním období převládal i u odbojových pracovníků trest odnětí svobody, v pozdějších letech byl stále častěji udělován trest smrti. K nejtěžším proviněním náležela obvinění z velezrady a zemězrady. Takovéto případy byly postupovány německými zemskými soudy v Praze a Brně Lidovému soudnímu dvoru v Berlíně. Někdy podobné případy přebíraly vrchní zemské soudy v Drážďanech nebo Vratislavi. Mezi soudy byla v podstatě teritoriální dělba území Protektorátu, a sice Berlín a Drážďany řešily převážně případy z Čech, Vratislav z Moravy. Menší případy připadly německým zemským soudům v Praze a v Brně.

( Podle ověřených údajů bylo v průběhu války z Malé pevnosti do koncentračních táborů deportováno minimálně 6 300 osob )

Podle odhadu prošlo nacistickými věznicemi a káznicemi na 20 000 českých občanů, přesně nezjištěný počet jich tam zahynul na různá onemocnění, při náletech Spojenců v posledních měsících války apod. Přibližně 1/5 z nich tvořili vězni deportovaní z Malé pevnosti. Při srovnání poměrů v jednotlivých nacistických věznicích a káznicích zvlášť vynikne svévole a nedodržování vězeňských předpisů velitelem terezínské věznice Heinrichem Jöckelem a jeho dozorci.

Nacisté využívali k perzekuci svých protivníků tzv. ochranné vazby, o jejímž uvalení rozhodovalo bez soudního jednání gestapo. Zatčení pak byli soustřeďováni v koncentračních táborech, spravovaných příslušníky SS. V letech 1933 – 1945 vznikl rozsáhlý systém těchto táborů a brzy po okupaci českých zemí v roce 1939 do nich přišli i první čeští vězni. Vytvoření institutu ochranné vazby a zavedení poprav bez soudního řízení učinilo z koncentračních táborů instituce neomezeně vládnoucí nad životy vězňů. Vězni byli využíváni k práci pro německé válečné hospodářství a cena jejich života spočívala pouze v jejich schopnosti pracovat. Pracovní síla vězňů byla využívána bez ohledu na výši lidských ztrát.

Deportace do koncentračních táborů postihly v rozsáhlé míře i vězně terezínské Malé pevnosti. Vzhledem k nedostatku údajů je můžeme spolehlivě prokázat „jen“ u 5 240 mužů a 900 žen. Muži byli posíláni nejčastěji do koncentračních táborů Buchenwald, Osvětim, Flossenbürg, Mauthausen, Dachau, Sachsenhausen a Gross – Rosen a ženy převážně do koncentračního tábora Ravensbrück. Stovky z nich v těchto táborech nezůstaly, ale byly z různých důvodů přesouvány do dalších koncentračních táborů, případně jejich poboček. Z 32 000 vězňů policejní věznice gestapa v Malé pevnosti bylo nejvíce, celkem 33 %, deportováno do koncentračních táborů, 22 % bylo předáno soudům, 17 % osvobozeno v Terezíně Rudou armádou na konci války, 20 % propuštěno a 8 % v Terezíně zahynulo.