Rychlost, s jakou Polsko padlo, byla udivující. Bojovalo se však i na moři, kde kladl odpor zbytek slabého polského námořnictva, který na konci srpna neodplul do Velké Británie. Pozoruhodný je pak hlavně osud ponorky jménem Orzel, jež dokázala unikat Němcům několik týdnů. Polské námořnictvo vzniklo z rozkazu generála Pilsudského 28. listopadu 1918. Ačkoli v zemi žili zkušení veteráni z flotil carského Ruska, Rakouska – Uherska a Německa, nedostatek lodí způsobil, že polské námořnictvo dlouhé roky nepředstavovalo reálnou bojovou sílu. Situace se měnila jen pomalu. V roce 1939 disponovalo Polsko 4 torpédoborci, minonoskou, 6 minolovkami, 2 dělovými čluny, 5 ponorkami, pobřežním dělostřelectvem a malým námořním letectvem. Operačním velitelem flotily a pobřežní obrany byl admirál Josef Unrug, kdysi důstojník Císařského námořnictva.

Polské námořnictvo samozřejmě nemělo proti tomu německému nejmenší šanci a všichni dobře věděli, že v případě vypuknutí války bude rychle zničeno. Aby vláda zachránila aspoň část flotily, byla v součinnosti s britskou stranou dohodnuta tzv. operace Peking. V podstatě nešlo o nic jiného než o útěk polských torpédoborců do Skotska, který se uskutečnil těsně před začátkem 2. světové války. Dne 30. srpna 1939 dostal torpédoborec Blyskawica, pod velením kapitána Stankiewicze rozkaz, provést operaci Peking. Po krátké poradě s velitelem torpédoborců Grom a Burza zvedla malá flotila kotvy a plnou parou zamířila na západ. Za dva dny se k nim v Severním moři připojily britské torpédoborce Wanderer a Wallace a doprovodily je do edinburského přístavu Leith. Zbytek polského námořnictva měl bránit poloostrov Hel, přístav Gdyně a ohrožovat německou dopravu. Samotní Němci počítali s tím, že polské námořnictvo vyřídí za týden. Na akci vyčlenily síly admirála Conrada Albrechta, konkrétně bitevní loď Schleswig – Holstein, 4 křižníky, 9 torpédoborců, 7 ponorek, torpédové čluny, minolovky a menší pomocná plavidla.

( Torpédoborec Blyskawica odplul těsně před vypuknutím války do Velké Británie )

Schleswig – Holstein byla stará bitevní loď z roku 1908, do soubojů s moderními bitevními loděmi se už nehodila a Kriegsmarine ji používala k výcviku. Do Gdaňska připlula 25. srpna a oficiálním důvodem byl vzpomínkový akt na námořníky z křižníku Magdeburg, který v roce 1914 ztroskotal na estonském pobřeží. Poláci pravý účel dobře znali, ale do poslední chvíle drželi dekorum. A tak zatímco kapitán Kleikamp ve své kajutě popíjel s vysokým komisařem Společnosti národů Carlem J. Burckhardtem čaj, v podpalubí si výsadková skupina připravovala výzbroj.

2. světová války začala na Westerplatte, na asi 6kilometrovém poloostrově před gdaňským přístavem, kde měli Poláci sklady a strážní rotu o síle 182 mužů. Dne 1. září ve 4:45 Schleswig – Holstein zahájila palbu. Po sedmi minutách dělostřelba skončila a nábojiště vyrazila německá námořní pěchota spolu s příslušníky gdaňské domobrany SS. Poláci, kteří měli podle instrukcí vydržet alespoň 12 hodin, dokud nedorazí posily, však útočníky zahnali na ústup a proti obrovské přesile se udrželi celých sedm dní.

( Rozmístění polských ponorek před poloostrovem Hel )

V té době už na moře vyplouvaly všechny polské ponorky a postupně zaujaly pozice kolem poloostrova Hel. Stranou nezůstala ani německá Luftwaffe, jejíž první obětí se stal torpédový člun Mazur. Odpoledne vyplula polská minonoska Gryf s doprovodem, aby položila minové pole mezi Helem a pevninou. Skupinu plavidel však napadla německá letadla, a ačkoli se žádný přímý zásah nezdařil, blízké exploze zabily několik námořníků a operace se nakonec musela odvolat. To ovšem nikdo nesdělil veliteli torpédoborce Wicher, který měl akci krýt. V noci se Wicher dostal do ideální pozice pro torpédový útok na dva německé torpédoborce a křižník, avšak kapitán Walden měl rozkaz útočit jen v případě, že bude ohrožen již dávno odvolaný Gryf, a tak na Němce nezaútočil. Nebyla to jediná polská chyba. Druhý den Wicher a Gryf s dělovými čluny General Haller a Komendant Pilsudski dostaly rozkaz, aby zakotvily v přístavech Hel a Jastarnia a sloužily jako protiletadlové baterie. Nehybné lodě se staly cílem německých bombardérů, které je 3. září poměrně snadno potopily. Špatným rozhodnutím se tak Poláci připravili o poslední větší lodě a zbyly jim jen minolovky, které však ještě 12. září ostřelovaly německé pozice a za dva dny položily poslední minové pole.

Kromě Wicheru svou příležitost propásla také ponorka Sep. Jejímu kapitánovi Salamonovi se sice podařilo svůj člun dostat do ideální střelecké pozice asi 300 metrů od německého torpédoborce Leberecht Maas, ale vypálil pouze jedno torpédo, které cíl minulo. Němci okamžitě přešli do protiútoku. Blízké exploze hlubinných pum poškodily trup a do ponorky začala pronikat voda, ale přesto se Sepu podařilo uniknout. Do pozice pro torpédový útok se pokusil dostat také Wilk, jenže cíl v podobě dvou torpédoborců zamířil do příliš mělkých vod, kam je polská ponorka nemohla pronásledovat. Později se však Wilku podařilo položit malé minové pole, na němž se potopila německá minolovka M 85 ( což byla jediná ztráta Kriegsmarine za celou polskou kampaň ). Ponorku Wilk později napadly hladinové lodě a z boje vyvázl se zničenými hydrofony a poškozenými palivovými nádržemi. Pokus o rychlou opravu v helském přístavu skončil fiaskem, a tak poškozená ponorka zamířila do skotského Rosythu, kam dorazila 19. září.

( Ponorka kapitána Salomona – Sep )

V prvních dnech útoku Němci své záměry na polském pobřeží v podstatě splnili. Po pádu Westerplatte 7. září a Gdyně o dva týdny později se bránil už jen odříznutý poloostrov Hel. Dne 15. září 1939 německé bombardéry v přístavu Jastarnia zničily minolovku Jaskólka a další dvě, Rybitwu a Csaplu, poškodily. Tím polské vojenské námořnictvo přišlo o hladinové lodě a v boji pokračovaly jen ponorky, které nepřítele znepokojovaly spíše svou existencí než bojovými výsledky. Orzel několikrát napadla letadla, ale ponorce se vždy podařilo vyváznout bez větších škod. Hlídkování kolem Helu ztratilo smysl, a tak admirál Unrug ponorkám nařídil hledat cíle poblíž švédského poloostrova Gotland a napadat lodě vezoucí do Německa železnou rudu. Na Orzelu však onemocněl kapitán Kloczkowski ( onemocněl tyfem ). Velení doporučovalo vyložit nemocného velitele v neutrálním Estonsku a vrátit se do boje. Ke Gotlandu se vydal i Sep. Jeho poškození však bylo natolik vážné, že nakonec zamířil do Švédska, kde byl internován 17. září 1939.

Lépe se nevedlo ani starším ponorkám Zbik a Rys, které zápasily spíše s mořem a špatným technickým stavem než s nepřítelem. Rysu teklo do periskopů, na Zbiku netěsnily výfuky a část posádky ( chvílemi až čtvrtina ) byla permanentně přiotrávená. Navíc do Zbiku jedním z poklopů teklo, takže se mohl ponořit nejvýše na několik desítek minut. Jako by to nestačilo, v bouři vlny zalily ventilační okna a mořská voda pronikla k akumulátorům, ze kterých se uvolnil jedovatý chlór. Posádka si poté musela nasadit plynové masky. Ve švédské internaci tak nakonec skončily i Rys a Zbik. Na konci září 1939 bojoval v Baltském moři již jen Orzel.

( Uprostřed vrchní velitel polského námořnictva – Josef Unrug s dalšími polskými důstojníky v zajetí v pevnosti Colditz )

Orzel, stejně jako Sep, byl moderní ponorkou, krátce před válkou zakoupený v Nizozemsku. Pro malý Balt byl až zbytečně veliký ( byl dokonce větší než soudobé německé oceánské ponorky typu IX B ) a velkou roli při koupi sehrál fakt, že nepříliš bohaté Polsko mohlo ponorky částečně zaplatit zemědělskými produkty. Když kapitán Kloczkowski onemocněl, velení převzal Jan Grudziński a Orzel zamířil do Estonska. To se ukázalo jako špatné rozhodnutí jak pro Poláky, tak pro Estonce. Podle  námořního práva smí válečná loď připlout do kteréhokoli neutrálního přístavu, vyložit zbraně, doplnit zásoby a pokud to zvládne do 24 hodin, může se i opravit. Teoreticky tedy neměl být problém nemocné námořníky vyložit a vrátit se zpět. Jenže na Estonsko si již tehdy dělal zálusk Sovětský svaz a Estonsko tak muselo čelit obrovskému diplomatickému a vojenskému tlaku, respektive vydírání. Pokud tedy nechtěli Estonci Stalina rozhněvat, bez ohledu na právní zvyklosti museli Orzel internovat. Poláci poté skutečně Estoncům odevzdali zbraně a veškeré dokumenty a 16. září začali vykládat ( neochotně ) i torpéda. Avšak v noci na 18. září vypukla vzpoura. Polští námořníci nejprve přepadli dvoučlennou stráž a poté přesekli kabel ke světlometům namířeným na jejich ponorku. Ačkoli poté ponorka najela na útes, nakonec přeci jen unikla na volné moře.

Útěk Poláků z Estonska znepokojil jak Berlín, tak Moskvu. Sovětský ministr zahraničí Molotov vystoupil v rozhlase s tvrzením, že polská ponorka je hrozbou pro sovětskou plavbu v Baltském moři, a další události na sebe nenechaly dlouho čekat. Do Narvské zátoky tajně připlula sovětská flotila ve složení torpédovka Tuča, ponorka Šč 303 a malý uhelný parník Metallist. Jeho posádka plavidlo opustila a Šč 303 na nehybnou loď vypálila salvu tří torpéd. Všechna minula a tak Metallist rozstřílela palubní děla minolovky Tuča. Sovětští novináři vzápětí rozpoutali kampaň, v níž tvrdili, že parník potopila neznámá ponorka a že zahynulo 5 námořníků. Estonský ministr zahraničí Karl Selter musel v Moskvě podat vysvětlení. Nicméně do estonských vod již vpluly sovětské válečné lodě, nad Tallinem kroužila sovětská letadla a celý případ byl doveden do konce v červnu 1940 sovětskou anexí Estonska.

( Nepolapitelný polský Orzel )

Orzel mezitím bloudil Baltským mořem a hledal cíle pro posledních šest torpéd, která námořníci v Tallinu nestihli vyložit. Kromě Sovětů se z útěku snažila vytlouct kapitál i německá propaganda, která tvrdila, že Poláci estonskou stráž zavraždili. Nebyla to pravda, protože oba muži se nacházeli na palubě.  Vysílání bylo zachyceno radistou ponorky a tak byli oba Estonci ( námořníci  Mahlstein a Kirkmaahe ) vysazeni na švédském ostrově Gotland. Dostali 100 dolarů a lodní lístek domů a jakési odškodnění v podobě lahve whisky. Nepolapitelný Orzel pak dál unikal německému letectvu i námořnictvu a hledal cíle v podobě konvojů či nákladních lodí, aby pomstil krvácející vlast. To se však nepodařilo, neboť Němci zpanikařili a veškerou námořní dopravu zastavili. Polská ponorka brázdila Balt celé dva týdny, než jí začalo docházet palivo, potraviny i pitná voda. Nezbývalo než po vzoru Wilka proklouznout úžinou Skagerrak do Velké Británie. Orzel nakonec 14. října 1939 přistál v doprovodu torpédoborce Valorous v Rosythu.

Polský odpor na pobřeží utichl 2. října 1939, kdy na poloostrově Hel kapitulovalo posledních 4 000 mužů v čele s admirálem Unrugem. Polská flotila v exilu však zůstala neporažená a bojovala dál. Torpédoborce pomáhaly při evakuaci Britského expedičního sboru odvážet jeho muže do bezpečí a doprovázely atlantské konvoje. Ponorky bojovaly u norského pobřeží i ve Středomoří. Například torpédoborec Blyskawica doprovodil 83 konvojů, nárokoval si tři zničené ponorky a sedm letounů. Dnes je z něj muzeum a národní památník v přístavu v Gdyni.