Role nizozemského válečného námořnictva se ve vodách kolem samotného Nizozemí točila kolem činností, jako bylo kladení min a pro případnou podporu pozemních jednotek. Největší lodě, tři lehké křižníky ( De Ruyter, Java a Sumatra ) byly soustředěny v loďstvu Nizozemské východní Indie, ale zejména poslední dvě jmenované byly zastaralou konstrukcí, nicméně Nizozemci nebyli schopni postavit dostatečně rychle nová plavidla a tak se tyto slabě pancéřované a vyzbrojené lodě zúčastnily i bojů proti japonskému císařskému loďstvu. Všechny tři byly do roku 1944 potopeny ( De Ruyter a Java ve stejné bitvě – 27. února 1942 v bitvě v Jávském moři ).

Loděnice v Nizozemí sice v roce 1939 zahájily stavbu nových plavidel, která byla určena jak pro domácí vody, tak pro Dálný východ, do německé invaze však nebyly dokončeny. Viceadmirál Furstner, jenž se stal v květnu 1940 náčelníkem námořního štábu a vrchním velitelem námořních sil disponoval silami s celkovým počtem necelých 12 000 mužů. Co se týče techniky, námořnictvo se skládalo ze čtyř křižníků, osmi torpédoborců, dvaceti tří ponorek, sedmi strážních lodí, pěti motorových torpédových člunů a dvaceti osmi minolovek.

( Vlajková loď spojeneckého svazu ABDA – lehký křižník De Ruyter )

V bojích o samotné Nizozemsko byla úloha námořnictva omezená a protivník silnější. Největší ztráty způsobily Nizozemcům letouny Luftwaffe, ti ale i přesto bránili tzv. pobřežní linii, poskytovali pěším jednotkám dělostřeleckou podporu a dokonce došlo k akci, při níž jeden nizozemský torpédoborec zahájil palbu na německé vojáky, kteří se právě vyloďovali z hydroplánů. Menší lodě, zejména minolovky rovněž převážely vojáky a zásoby. Nakonec, po urputném, ale marném odporu byly všechny přeživší lodě použity pro odvoz co největšího počtu vojáků do Velké Británie. S omezenými prostředky se podařilo evakuovat na 20 000 mužů.

Jak již bylo zmíněno většina velkých nizozemských lodí, byla poslána k loďstvu Nizozemské východní Indie, kde sváděla statečný, ale marný boj proti Japoncům. Lehké křižníky se několikrát pokusily odrazit útoky japonských invazních vojsk, ale nakonec byly dvě z nich potopeny v jediném střetu. Námořnictvo ale nebylo tvořeno jen loděmi. V jeho sestavě se nacházelo i námořní letectvo. I to bylo z větší části umístěno na Dálném východě. V květnu 1940 bychom přesto našli na evropském bojišti více jak 40 hydroplánů ( hlavně typ Fokker T.VIII – W ) a dalších 30 cvičných strojů. Celkové ztráty námořního letectva byly však katastrofální a po pouhých třech dnech bojů, zbývalo pouhé jedno v bojeschopném stavu. Několik málo letounů bylo staženo do francouzských kotvišť a následně pak přelétlo do Velké Británie, kde osm Fokkerů T.VIII – W následně utvořilo 320. nizozemskou peruť RAF, která pak po spotřebování náhradních dílů Fokkery vyřadila a přešla na britské Avro Ansony a americké Lockheedy Hudson.