Od neblahé konference v Mnichově v září 1938 ještě neuplynulo ani půl roku, když 15. března 1939 okupovaly vojenské jednotky nacistického Německa zbytek okleštěných českých zemí. K místům, která byla okupována nejdříve, patřilo například i posádkové město Terezín. O den později Adolf Hitler podepsal v Praze výnos o vytvoření Protektorátu Čechy a Morava, jímž byly české země prohlášeny za součást Velkoněmecké říše. Protektorát představoval jen formálně autonomní státní úvar s vlastní správou a státními orgány. Ve skutečnosti byl zcela ovládán orgány okupačními a jeho obyvatelé byli vystaveni soustavnému teroru rozsáhlého represivního aparátu. V čele protektorátu stál dr. Emil Hácha jako tzv. státní prezident a dále protektorátní vláda jako představitelka autonomní moci. Její pravomoci byly od počátku minimální. Do konce války se takové vlády vystřídaly celkem čtyři. Postupně se stávaly stále zřetelněji nástrojem prosazování kolaborace s okupanty. Dominantní osobnost protektorátní vlády od roku 1942 představoval ministr školství a lidové osvěty Emanuel Moravce, který se stal symbolem bezvýhradné kolaborace s nacisty a zrady českých národních zájmů.

Okupanti se však nespokojili s důslednou kontrolou činnosti protektorátních orgánů a vytvořili paralelní systém německých politických, správních, soudních a policejních úřadů, které dohlížely na všechny oblasti života v protektorátu. Jako přímý zástupce Adolfa Hitlera a zmocněnec říšské vlády v protektorátu působil říšský protektor. Prvním z nich byl Konstantin von Neurath, dále tuto funkci vykonávali Reinhard Heydrich a Kurt Daluege ( oba jako zastupující říšští protektoři ) a nakonec Wilhelm Frick. Nejdůležitější osobností německé správy v protektorátu se však postupně stal Karl Hermann Frank. Ten byl pověstný svou patologickou nenávistí vůči českému národu a svou politickou kariéru zahájil v Henleinově Sudetoněmecké straně ( její členové po připojení českých pohraničních oblastí k Německu přestoupili do NSDAP ). Frank požíval Hitlerovy důvěry jako hlavní znalec situace v českých zemích. Vykonával nejprve funkci státního tajemníka a v srpnu 1943 byl jmenován německým státním ministrem pro Čechy a Moravu. Zároveň velel složkám SS a policie na území protektorátu. V jeho rukou se tak soustřeďovala faktická moc a říšský protektor plnil již spíše reprezentativní funkci.

( Německé jednotky dne 15. března 1939 na Pražském hradě )

Konečným cílem nacistické politiky v protektorátu byla germanizace celého jeho prostoru. Větší část obyvatelstva z něj měla být postupně odstraněna, zbývající pak poněmčena. Generální osidlovací plán z roku 1943 uváděl konkrétní čísla – ze 7 485 000 Čechů bylo 3 625 000 považováno za schopné poněmčení, nadto mělo do protektorátu přijít 1 415 000 německých osídlenců. O tempu tohoto procesu panovaly mezi rivalizujícími složkami nacistického aparátu rozdílné představy. V zájmu udržení klidu v protektorátu a především zajištění plného výkonu jeho ekonomiky, která měla velký význam pro vyzbrojování Německa, došlo k rozhodnutí o přesunutí hlavních fází realizace uvedených záměrů až na dobu po předpokládaném ukončení války, zatímco v jejím průběhu měla probíhat pouze opatření dílčí. K nim patřily kroky směřující k potlačování české kultury ( s výjimkou zábavných žánrů ), vědy a vzdělávání. Okupanti cílevědomě perzekuovali českou inteligenci, omezovali české školství, kde při první příležitosti sáhli k uzavření českých vysokých škol, zrušili řadu škol středních a usilovali o poněmčení ostatních. Současně se snažili na svou stranu sociální demagogií získávat některé vrstvy českého národa, především pracující v odvětví důležitých pro válečnou výrobu.

( Německý státní ministr pro Čechy a Moravu Karl Hermann Frank )

I osud těch, kteří nebyli určeni k poněmčení, se měl naplnit až po válce. Již v jejím průběhu ale přijížděli do protektorátu němečtí osídlenci. Byli usazováni v místech, která měla sloužit budování tzv. německých národních mostů, jež by rozdělily a postupně izolovaly oblasti s doposud souvislým českým osídlením. Současně pod pláštíkem zdravotního vyšetření české mládeže probíhal rozsáhlý rasový průzkum českého národa, jehož výsledky měly sloužit přísnějšímu určení osob vhodných k poněmčení. Součástí germanizačního úsilí bylo i podmanění českého hospodářství, jehož původními jevy byly ovládnutí českých bank spojené s měnovým diktátem, zavedení celní unie, ale také tzv. arizace židovského majetku. Ta se opírala o nařízení říšského protektora z 21. června 1939, jež umožňovalo arizovat, tedy konfiskovat i podniky s minimálním židovským vlastnickým podílem nebo stojící pod židovským vlivem. O míře takového vlivu rozhodovala výlučně okupační německá správa a také arizovaný majetek byl předáván výhradně do německých rukou.

Arizace majetku židů byla jedním z kroků směřujících k jejich genocidě. Zmíněné nařízení říšského protektora zavádělo v protektorátu platnost definice židovství podle norimberských zákonů z roku 1935. Znamenalo to vytvoření pseudolegislativního základu pro příjímání řady diskriminačních nařízení, která postupně židy oddělovala od ostatního obyvatelstva a zbavovala možnosti normálně žít. Na sklonku roku 1941 pak začaly deportace židovského obyvatelstva z protektorátu v rámci obludného plánu konečného řešení židovské otázky v Evropě. Většina židů z protektorátu směřovala nejprve do Terezína. Do ghetta, zřízeného ve městě, jich bylo počínaje dnem 24. listopadu 1941 deportováno na 74 000. Čeští židé tak představovali téměř polovinu z jeho nedobrovolných obyvatel. Krutý byl rovněž osud Romů, kteří byli diskriminováni, vězněni ve sběrných táborech a donucovacích pracovnách. Později došlo k deportaci většiny z nich do cikánského tábora, který byl součástí osvětimského táborového komplexu. Nacistickou genocidu přežilo jen několik stovek příslušníků původního romského obyvatelstva českých zemí.